1. 我院召开两校合并后第一次全体党员大会，选举产生了中共北京大学药学院第一届委员会。
2. 完成了我院学科发展的总体规划。
3. 2005年我院共发表论文199篇，其中国内100篇，国外99篇；被SCI收录112篇，其中国内SCI13篇，国外SCI99篇。
4. 屠鹏飞、叶新山教授获国家杰出青年基金。
5. 果德安教授《天然抗肿瘤活性化合物的生物转化研究》获教育部提名国家科学技术奖自然科学类一等奖；李润涛教授《哌嗪季铵类盐非成瘾性镇痛药物研究》获北京市科技进步二等奖。（待公布）
6. 《21世纪初药学研究型人才培养模式研究与实践》北京市教学成果奖一等奖。
7. 《基于中药资源的创新药物研究与开发》项目获教育部创新团队。（待公布）
8. 李长龄教授主编的《药理学》、蔡少青教授主编的《药用植物与生药学》获得北京市高等教育精品教材奖；吕以仙教授主编的《有机化学》、侯新朴教授主编的《物理化学》分别荣获2005年首届全国高等学校医药优秀教材二、三等奖。
9. 我院天然药物及仿生药物国家重点实验室召开第四届一次会议，顺利完成实验室主任和学术委员会的换届工作。
10. 我院党委做为北京大学试点单位，首批参加共产党员先进性教育活动，圆满完成任务，被评为北京大学先进党委。
